本系前身為國立屏東農業專科學校水土保持科，始創於1965年，在森林科之下分設森林組與水土保持組，1976年8月獨立為水土保持科，於1991年7月1日改制為國立屏東技術學院，奉准成立二年制資源保育技術系，復於1995年8月l日再奉准更名為水土保持技術系。

        1997年本校改名為國立屏東科技大學，本系設立在工程科技學院中，於1998年8月改制為四年制水土保持系學士班，並奉准於1999 年8月成立碩士班；並於2005年8月奉准土木工程系共同成立「坡地防災與水資源工程研究所」博士班，因應系所調整再於2010年奉准將該研究所博士班歸併土木工程系，並續由本系教師共同參與授課與論文指導。