1997年本校改名為國立屏東科技大學，本系設立在工程科技學院中，於1998年8月改制為四年制水土保持系學士班，並奉准於1999 年8月成立碩士班；並於2005年8月奉准土木工程系共同成立「坡地防災與水資源工程研究所」博士班，因應系所調整再於2010年奉准將該研究所博士班歸併土木工程系，並續由本系教師共同參與授課與論文指導。